No Centro de Produção de Pães e Recheios da Uno&Due a qualidade de todos os produtos é rigorosamente controlada pelo Departamento de Controle de Qualidade para garantir que os produtos cheguem ao consumidor com a excelência em alimentos.
O Controle de Qualidade conta com uma equipe de nutricionistas e técnicos químicos que atuam desde o recebimento de matérias-primas até o controle e  verificação das lojas.
No ato do recebimento das matérias-primas, os técnicos químicos avaliam os produtos, considerando as condições do caminhão, a temperatura de transporte, a embalagem e todos os aspectos de acomodação dos produtos.
Após o recebimento, a equipe do Controle de Qualidade responsabiliza-se pelo controle de processos de produção e corte de carnes, levando em consideração a higiene e a forma de trabalho, controle de pasteurização dos produtos, o embase e o armazenamento correto em câmaras frias.
O Depto. de Controle de Qualidade também faz um rigoroso controle de pragas e higiene sanitária; além disso, todo o controle de produção é feito através de uma verificação constante por amostragem de produtos.
Após a embalagem dos produtos, o Controle de Qualidade ainda faz a auditoria nos caminhões que transportam os produtos até as lojas, além de exercer um trabalho de verificação das lojas através dos auditores de qualidade, que visitam as unidades Uno&Due regularmente para verificar os aspectos de trabalho, assim como condições de armazenamento e manipulação de produtos.
É função também do Controle de Qualidade a aprovação dos fornecedores de matérias-primas, especificação de matérias-primas para o Departamento de Compras, a elaboração de manuais de qualidade e operações que são distribuídos em todas as lojas da rede e o registro de produtos.